¿Se pueden adquirir certificados SSL comodín para dominios de tercer nivel?

Sí, es compatible.

Siempre que el dominio esté registrado y dentro de su período de validez, y se pueda completar la verificación de los permisos de administración del dominio, los dominios de tercer nivel también pueden adquirir certificados SSL comodín (de dominio amplio).

Por ejemplo, *.sub.example.com puede proteger a.sub.example.com, b.sub.example.com y todos los demás subdominios del mismo nivel.