サブドメイン（第3レベルドメイン）ではワイルドカードSSL証明書を購入できますか？

購入できます。

ドメインが登録済みで有効期間内にあり、ドメイン管理権限の検証（DCV）を完了できる場合、第3レベルドメインでもワイルドカード（汎用ドメイン）SSL証明書を購入できます。

例えば、*.sub.example.com は a.sub.example.com、b.sub.example.com などの同レベルのすべてのサブドメインを保護できます。