Поддерживает ли перевыпуск сертификата sslTrus на национальном корневом сертификате смену основного домена?

Не поддерживает.

При перевыпуске сертификата sslTrus на национальном корневом сертификате основной домен должен оставаться таким же, как в исходном сертификате, сменить его невозможно. Если необходимо выпустить сертификат для нового домена, пожалуйста, подайте заявку заново.