sslTrus国産ルート証明書の再署名時にプライマリドメインを変更できますか？

いいえ、できません。

sslTrus国産ルート証明書の再署名時は、元の証明書と同じプライマリドメインを保持する必要があり、変更することはできません。新しいドメインに対して証明書を発行する必要がある場合は、再度申請を送信してください。