数年間有効の証明書を購入した後、途中で会社が失効した場合、その証明書はまだ使用できますか？

証明書が失効していなければ引き続き使用できます。途中で会社の主体が変更された場合は、CAに連絡して組織名を変更するか、証明書を再申請することができます。