CFCA 普通サーバー証明書/中国商用暗号（SM）証明書を取得する際、CSR情報は発行された証明書のDN番号と一致している必要がありますか？

はい、一致していないと取得に失敗します。初回に提出したCSRと発行された証明書のDN情報が一致しない場合、発行されたDN情報に基づいてCSRを再生成したうえで証明書を取得する必要があります。