CFCA証明書を申請する際、ドメイン所有者以外が申請してもよいですか？

できますが、条件があります。

証明書を申請する組織は、ドメイン所有者の下部組織または直属の組織である必要があります。この条件を満たさない場合は、ドメイン所有者名義でのみ証明書を申請できます。