Можно ли подать заявку на сертификат CFCA не от имени владельца домена?

Да, но с определёнными ограничениями.

Организация, подающая заявку на сертификат, должна быть подчинённым подразделением или непосредственно подчинённой организацией владельца домена. Если это условие не выполняется, заявку на сертификат можно подать только от имени владельца домена.