Если при подаче заявки была выбрана проверка по email, можно ли в процессе заявки изменить способ проверки на другой?

Да, можно переключиться на другой способ проверки. В панели управления откройте детали соответствующего заказа — там можно переключиться на проверку DNS или проверку через файл. Если нужно заменить email для проверки, свяжитесь с нами. (Для IP возможна только проверка через файл; для wildcard-сертификатов проверка через файл не поддерживается.)