コードサイニング証明書の発行後に会社名を変更する必要がある場合、直接修正することはできますか？

直接修正することはできません。

コードサイニング証明書はいったん発行されると、証明書内の会社名を変更することはできません。会社名が変更になった場合は、新規注文を行い、新しい会社名で証明書を再申請する必要があります。