すでに発行されたコードサイニング証明書をトークンからクラウドサインへ、またはクラウドサインからトークンへ移行することはできますか？

できます。

Racent管理画面から再署名を申請すると証明書を再生成でき、その後クラウドサインまたはトークンへのインポートを選択することで、両者間を自由に移行できます。