パソコンを変えたらS/MIMEメール証明書はまだ使えますか？

はい、可能です。 .pfxファイルを保存していれば、新しいパソコンで引き続き使用できます。.pfxファイルをダブルクリックし、パスワードを入力して新しいパソコンにインポートすれば、過去のメールも正常に復号できます。