Можно ли использовать S/MIME сертификат электронной почты после смены компьютера?

Да. Если файл .pfx сохранён, его можно продолжать использовать на новом компьютере. Дважды щёлкните файл .pfx, введите пароль для импорта на новый компьютер, и старые письма также можно будет расшифровать обычным образом.