Можно ли перенести уже выпущенный сертификат подписи кода с токена в облачную подпись или из облачной подписи на токен?

Да, можно.

После подачи заявки на перевыпуск через панель управления Racent можно заново сгенерировать сертификат и выбрать импорт в облачную подпись или на токен, что позволяет свободно переносить сертификат между этими двумя вариантами.